Museum Fatahillah memiliki nama resmi Museum Sejarah Jakarta, terletak di Jalan Taman Fatahillah No.1, Jakarta Barat. Museum Sejarah Jakarta mulanya digunakan sebagai gedung Balaikota (Stadhuis) yang merupakan gedung Balai Kota kedua yang dibangun pada masa pemerintahan VOC di Batavia. Pada tanggal 27 April 1626, Gubernur Jenderal Pieter de Carpentier (1623-1627) memutuskan membangun gedung Balai Kota yang baru lalu direnovasi pada tanggal 25 Januari 1707 di masa pemerintahan Gubernur Jenderal Joan van Hoorn dan selesai direnovasi pada tanggal 10 Juli 1710 di masa pemerintahan Gubernur Jenderal Abraham van Riebeeck.
Selain sebagai Balai Kota, gedung ini juga berfungsi sebagai Pengadilan, Kantor Catatan Sipil, tempat warga beribadah di hari Minggu, dan Dewan Kotapraja (College van Scheppen). Pada tahun 1925-1942 gedung ini juga dimanfaatkan sebagai Kantor Pemerintah Provinsi Jawa Barat dan pada tahun 1942-1945 dipakai untuk kantor pengumpulan logistik Dai Nippon. Tahun 1952 dipakai sebagai Markas Komando Militer Kota (KMK) I yang kemudian menjadi Kodim 0503 Jakarta Barat. Setelah itu pada tahun 1968 gedung ini diserahkan kepada Pemda DKI Jakarta dan kemudian dijadikan sebagai Museum pada tahun 1974.
Pada tahun 1930 didirikanlah sebuah yayasan yang bernama Oud Batavia (Batavia Lama) yang bertujuan untuk mengumpulkan segala ihwal tentang sejarah kota Batavia. Maka pada tahun 1936, Museum Oud Batavia diresmikan oleh Gubernur Jenderal Tjarda van Starkenborgh Stachouwer (1936-1942). Museum ini dibuka untuk umum pada tahun 1939.
Museum Oud Batavia terdapat peninggalan-peninggalan Belanda yang bermukim di Batavia sejak awal abad XVI. Koleksi tersebut terdiri dari mebel, perabot rumah tangga, senjata, keramik, peta hingga buku-buku. Pada masa kemerdekaan, Museum Oud Batavia berubah nama menjadi Museum Djakarta Lama dibawah naungan LKI (Lembaga Kebudayaan Indonesia) dan pada tahun 1968 Museum Djakarta Lama diserahkan kepada Pemda DKI Jakarta. Setelah Museum Sejarah Jakarta diresmikan pada tanggal 30 Maret 1974, maka seluruh koleksi dari Museum Djakarta Lama dipindahkan ke Museum Sejarah Jakarta dan ditambah dengan koleksi dari Museum Nasional.
Bertujuan untuk meningkatkan kinerja dan penampilannya, pada tahun 1999 Museum Sejarah Jakarta bertekad untuk menjadikan Museum ini bukan sekadar tempat untuk merawat dan memamerkan benda yang berasal dari masa penjajahan namun dapat menyediakan informasi mengenai perjalanan panjang sejarah kota Jakarta, sejak masa prasejarah hingga masa kini dalam bentuk yang lebih kreatif.
